Slobodno Zidarstvo Kripte je prvi puta uvedeno u Hrvatsku početkom 2009. godine kada je omanja skupina hrvatske braće (Suputnika) postigla potrebne stupnjeve uz nesebičnu pomoć braće iz Italije i Austrije. Tom prilikom je osnovan i prvi Koncil Kraljevskih i Izabranih Majstora u Hrvatskoj, sa sjedištem u Rijeci. U proljeće iste godine su skupini braće iz Hrvatske dodijeljeni stupnjevi Slobodnog Zidarstva Kripte u Washingtonu DC, od strane Velikog Kapitela Slobodnih Zidara Kraljevskog Luka Virginije. Početkom ljeta 2009. su u Hrvatskoj utemeljena daljnja dva Koncila čime su se stekli uvjeti za osnivanje Velikog Koncila Slobodnih Zidara Kripte Hrvatske, koje danas predstavlja suverenu krovnu organizaciju kriptičnog Slobodnog Zidarstva u Hrvatskoj.